Comment le poulain construit son microbiote : de la naissance au sevrage

À sa naissance, le poulain arrive au monde avec un tube digestif quasi vierge, et pourtant, en quelques mois à peine, il abritera l'un des écosystèmes microbiens les plus riches du règne animal — celui qui fait de l'herbivore un fermenteur capable de vivre de cellulose. Comment cet intestin presque stérile se peuple-t-il ? D'où viennent ces milliards de bactéries, et pourquoi le poulain se met-il, très normalement, à manger les crottins de sa mère ? Cet article retrace la colonisation microbienne du poulain, ses étapes datées, et les fenêtres de fragilité qui la ponctuent.

Naître (presque) stérile : le point de départ

Chez les mammifères, la vie fœtale se déroule dans un environnement longtemps considéré comme stérile. Le poulain ne fait pas exception : après la naissance, son tube digestif entame une transition remarquable, de l'état relativement stérile du fœtus vers le microbiote complexe, riche et diversifié nécessaire à un développement correct [1]. Le mot important est relativement. L'état exact de l'intestin à la naissance reste débattu.

Pourquoi ce doute ? Parce qu'on a mesuré, dans le méconium — les premières crottes, très foncées, formées in utero — une moyenne de 2,9 log10 unités formant colonie (UFC) d'anaérobies totaux par gramme, soit environ 800 bactéries par gramme. Ce n'est pas beaucoup, mais ce n'est pas rien, et cela soulève une question sur l'origine de ces germes présents avant toute tétée. Comme chez d'autres mammifères, il pourrait exister un transfert de bactéries de la mère vers le fœtus pendant la gestation, via le liquide amniotique et le placenta. Nuance importante toutefois : chez les équidés, le placenta est réputé moins perméable que dans d'autres espèces, ce qui limiterait ce passage. La question n'est donc pas tranchée, et il faut la présenter pour ce qu'elle est : un chantier de recherche en cours.

Retenons l'essentiel : quel que soit le statut exact à la naissance, l'intestin du nouveau-né est un territoire quasi vide, prêt à être colonisé. Tout va se jouer dans les heures et les jours qui suivent.

Les premières sources : la mère, le lait, l'environnement

Dès la mise bas et immédiatement après, le poulain est exposé à un déluge de micro-organismes : ceux de la mère (sa flore intestinale, sa peau) et ceux de l'environnement du poulinage. Le résultat est spectaculaire. En 24 heures, on peut détecter des centaines à des milliers d'espèces bactériennes dans les fèces du poulain, reflet de cette exposition maternelle et environnementale massive.

Mais attention à ne pas confondre présence et installation. Beaucoup de ces bactéries ne font que passer, ou séjournent brièvement, pendant que se met en place le vrai microbiote commensal — celui qui restera. Les techniques de culture montrent que les micro-organismes les plus abondants dans cette phase initiale sont des bactéries aérobies et anaérobies facultatives (capables de vivre avec ou sans oxygène) : entérocoques, lactobacilles, staphylocoques, entérobactéries.

Le lait prend ensuite le relais comme source majeure. On y trouve jusqu'à 10⁹ (un milliard) de micro-organismes par litre — Staphylococcus, Streptococcus, Corynebacterium, Lactobacillus, Bifidobacterium, Propionibacterium —, des genres qui comptent parmi les composants importants du microbiote pendant toute la période d'allaitement. Le poulain continue par ailleurs de croiser des bactéries venues du corps de la mère, des autres chevaux et du milieu.

La coprophagie du poulain : un ensemencement programmé

Et c'est ici qu'intervient l'un des comportements les plus intrigants du jeune poulain : la coprophagie, le fait de manger des crottins. Loin d'être un vice ou un signe de carence, elle est une activité normale chez les jeunes poulains, qui les expose davantage encore aux fèces de la mère et des autres chevaux [1]. Elle est particulièrement fréquente durant les deux premiers mois de vie.

Chez le tout jeune poulain, surtout pendant les deux premiers mois, la coprophagie est normale et même biologiquement programmée [2]. Elle est déclenchée par la présence, dans les crottins maternels, de phéromones — des hormones volatiles qui influencent le comportement à distance par voie olfactive. Et ses fonctions sont multiples et remarquablement bien ajustées :

• l'ensemencement bactérien du tube digestif, en particulier par les bactéries capables de digérer la fibre ;
• l'apport de nutriments : acides aminés indispensables, vitamines du complexe B ;
• la fourniture de dérivés de sels biliaires (comme l'acide désoxycholique) qui activent le développement nerveux et stimulent les défenses immunitaires de l'intestin.

Autrement dit, une adaptation physiologique élégante : pour digérer un jour l'herbe, le poulain doit hériter des microbes fibrolytiques de sa mère, et le plus sûr moyen de les obtenir est d'ingérer directement sa flore intestinale. Ces bactéries permettent au poulain de passer du lait à un régime de fourrage, car elles sont nécessaires à la digestion de la fibre [3]. Détail rassurant : le poulain ne mange en général que des crottins frais, et ceux de sa propre mère — il n'attrape donc pas de parasites par ce biais, car les parasites exigent une période d'incubation dans les fèces avant de devenir infectants.

La bascule vers l'anaérobiose et l'arrivée des digesteurs de fibre

La suite est une belle mécanique écologique. Les premières bactéries à s'installer, les anaérobies facultatives, consomment l'oxygène résiduel du tube digestif. Ce faisant, elles créent un environnement anaérobie — sans oxygène — qui rend possible l'établissement des bactéries strictement anaérobies, celles-là mêmes qui dominent l'intestin adulte et qui ne survivent pas au contact de l'air. C'est un pavage du terrain : les pionnières préparent le milieu pour les colonisatrices définitives.

Le basculement est rapide. Dès la première semaine de vie, le rapport entre anaérobies facultatives et anaérobies strictes s'inverse : les anaérobies strictes dominent désormais. Au cours du premier mois, on observe une montée des Bacteroidetes (des anaérobies strictes) concomitante d'un recul des Enterococcaceae, des Enterobacteriaceae et des Streptococcaceae — les pionnières s'effacent devant l'équipe définitive.

Le plus frappant concerne la fibre. Bien que le poulain soit encore nourri au lait, des bactéries cellulolytiques — capables de dégrader la cellulose — sont détectées dès la première semaine de vie, avec l'apparition de Fibrobacter succinogenes, une espèce cellulolytique majeure. Leur développement accompagne le début de la consommation de fibre par le poulain, qui commence très tôt à grignoter fourrage et concentré aux côtés de sa mère. Les protozoaires ciliés, autres acteurs de la fermentation, s'installent quant à eux à partir du jour 11 et atteignent le niveau d'un cheval adulte en un mois.

Quand la fonction rejoint l'adulte : le cap des deux mois

Détecter une bactérie est une chose ; que la communauté fonctionne en est une autre. Sur ce plan, l'évolution des acides gras à chaîne courte fécaux — les acides gras volatils (AGV), produits finaux de la fermentation microbienne et principal carburant énergétique tiré du gros intestin — apporte un repère précieux. La capacité des bactéries à dégrader la fibre démarre à la fin de la deuxième semaine de vie et se stabilise autour de deux mois d'âge [1].

Ce chiffre a une portée concrète. À 60 jours, le microbiote fécal du poulain remplit déjà des fonctions comparables à celles d'un cheval adulte. Le séquençage le confirme : le microbiote d'un poulain de deux mois ressemble davantage à celui d'un yearling qu'à celui d'un nouveau-né [1]. La transition vers un microbiote « adulte » n'a pas de date de naissance officielle — on ne sait pas exactement quand elle s'achève —, mais elle est probablement presque complète au moment du sevrage.

L'enjeu, on le comprend, est vital. Chez l'adulte, la fermentation microbienne du cæcum et du côlon fournit 50 % ou plus des besoins en énergie digestible de l'animal, dont peut-être 30 % par le seul cæcum sur des rations à 75 % de foin. Il n'y aurait pas de cheval sans les micro-organismes du gros intestin [1]. Construire ce microbiote, pour le poulain, c'est littéralement construire sa future autonomie alimentaire. En parallèle, l'anatomie suit : le gros intestin grandit plus vite que le reste du tube digestif durant le sevrage et l'après-sevrage, pour accueillir une ration plus fibreuse et volumineuse, et la digestibilité de l'énergie d'une ration mixte fourrage-concentré augmente entre 5 et 8 mois d'âge [4].

Les fenêtres de fragilité : diarrhées, chaleurs et sevrage

Un écosystème en construction est, par définition, instable. La colonisation s'accompagne de périodes où l'équilibre microbien vacille.

Les premières semaines sont les plus mouvantes : c'est précisément le moment où les communautés bactériennes se réorganisent le plus vite, où les pionnières cèdent la place. Des épisodes de diarrhée du poulain surviennent d'ailleurs dans ces tout premiers jours de vie.

La « diarrhée de chaleur ». Une diarrhée transitoire, bénigne le plus souvent, apparaît classiquement vers le neuvième au quinzième jour du poulain — au moment où la jument connaît ses premières chaleurs après la mise bas. Les chiffres situent bien la coïncidence : l'œstrus postpartum survient chez 45 % des juments au jour 9, 93 % au jour 15 et 97 % au jour 20 [1]. Longtemps attribuée à une modification du lait pendant ces chaleurs, cette diarrhée est aujourd'hui reliée à la maturation normale de l'intestin et de son microbiote — dont on a vu qu'elle est en pleine effervescence à cette date exacte [1]. La corrélation temporelle avec les chaleurs serait alors davantage un repère de calendrier qu'une cause. Prudence, donc : le mécanisme précis reste discuté, et toute diarrhée du poulain qui persiste ou altère l'état général relève du vétérinaire.

Le sevrage est la fenêtre la plus critique. C'est d'abord un choc de stress : le sevrage augmente la cortisolémie et diminue la réponse immunitaire à médiation cellulaire du poulain pendant jusqu'à 40 heures après la séparation. Ces effets réduisent la prise alimentaire et la croissance, et accroissent la sensibilité aux maladies infectieuses et aux ulcères gastriques.

Mais le sevrage est aussi, et c'est le cœur de notre sujet, un choc microbien. Pourquoi ? Parce que le microbiote se façonne au rythme de l'alimentation. Or les données montrent un point capital : lorsque le lait est progressivement remplacé par de la nourriture solide avant le sevrage, on ne détecte aucun changement de la variabilité interindividuelle des profils bactériens, ni aucun bouleversement de la structure de la communauté microbienne après le sevrage. Autrement dit, un changement nutritionnel graduel conduit à une maturation douce du microbiote, plutôt qu'à des ruptures brutales lors d'un événement majeur comme le sevrage.

Le corollaire est limpide. Un sevrage brutal — retrait soudain du lait et de la mère — impose à la flore une transition alimentaire trop rapide pour qu'elle s'y adapte sans à-coup. Lors d'un sevrage mal préparé, trop brutal ou trop précoce, le poulain subit d'ailleurs un déficit plus ou moins transitoire de ses facultés digestives, au point que la coprophagie reprend alors un rôle supplétif, le poulain récupérant dans les crottins des matières encore riches en éléments nutritifs prédigérés [2]. La surcharge en amidon fréquente à cette période aggrave le tableau, en nourrissant une fermentation déséquilibrée. Le sevrage brutal, c'est donc demander à un écosystème encore jeune d'encaisser en un jour ce qu'il aurait dû absorber en semaines.

En pratique : accompagner, ne pas brusquer

Le fil directeur tient en un mot : progressivité. Puisque le microbiote suit l'alimentation, introduisez tôt et lentement les aliments solides (fourrage de qualité, concentré adapté) pendant que le poulain tète encore, de sorte que sa flore fibrolytique soit déjà fonctionnelle — on l'a vu, vers deux mois — avant de retirer le lait. Un sevrage graduel est préférable à un sevrage total et abrupt : les poulains laissés près de leur mère derrière une clôture pendant 7 jours avant la séparation complète présentent une cortisolémie plus basse et une meilleure prise alimentaire la première semaine. Côté hygiène, gardez à l'esprit que la coprophagie du jeune est normale et utile, mais qu'elle ne doit porter que sur des crottins frais dans un environnement sain. Enfin, une diarrhée qui dépasse le cadre de la banale « chaleur » impose l'avis du vétérinaire. Sur ce terrain, la modestie s'impose aussi côté solutions toutes faites : les probiotiques évalués pour prévenir la diarrhée du poulain n'ont montré aucun effet protecteur, certains essais relevant même un risque accru de diarrhée [1] — la construction du microbiote ne s'achète pas en sachet.

À retenir

• Le poulain naît avec un intestin quasi stérile (méconium : ~2,9 log10 UFC/g d'anaérobies) et se peuple en 24 h de centaines à des milliers d'espèces venues de la mère, du lait et de l'environnement.
• La coprophagie des deux premiers mois, biologiquement programmée, ensemence l'intestin en bactéries fibrolytiques et apporte vitamines B, acides aminés et dérivés de sels biliaires utiles au système nerveux et immunitaire.
• Dès la 1ʳᵉ semaine, les anaérobies strictes prennent le dessus ; la capacité à digérer la fibre démarre vers 2 semaines et se stabilise vers 2 mois, âge auquel la fonction se rapproche déjà de l'adulte.
• Les fenêtres de fragilité — diarrhées des premières semaines, « diarrhée de chaleur » vers J9–J15, et surtout sevrage — correspondent à des moments où l'écosystème microbien est en réorganisation.
• Un sevrage brutal est un choc microbien : seul un changement alimentaire progressif permet une maturation douce de la flore, sans rupture de sa structure.

Sources

1. Equine Clinical Nutrition, 2ᵉ éd., R. J. Geor, P. A. Harris & M. Coenen (dir.), 2023.
2. Alimentation du cheval, R. Wolter, 2004.
3. Feeding and Care of the Horse, L. D. Lewis, 2ᵉ éd., 1996.
4. Equine Nutrition and Feeding, D. Frape, 4ᵉ éd., 2010.
5. Manual of Equine Nutrition and Feeding Management, C. Z. Buckhout & B. E. Lindberg, 2022.